目前，市场上主要肥料有三种，化学肥料、有机肥料、复合肥料。生物有机肥是相对化学肥料、有机肥料而言的。同时生物有机肥是一种新型的肥料，较前三种肥料有明显的优势。
化肥 | 有机肥 | 复合肥 | 生物有机肥 | |
优 点 | 1 浓度高、肥效快速，分解和吸收迅速； 2 短期效果明显，能促进植物生长、开花、结果； 3 水溶性好、利用率高； 4 单一养分充足； 5 农民使用多年，优点多。
| 1 使用成本低。 2 肥效长。 3 养分全面，能促进植物生长、开花、结果 4 改善土壤结构，解决土壤板结问题 5 少量有益微生物，能调节生态环境 6 能和其它化肥一起使用。
| 成分为化肥和有机肥的复合。 1综合化肥和有机肥的特点。 2 肥效较慢，含有一定的有机质， 3补充特定的微量元素。 4 能改善土壤结构，缓解土壤板结。 5 少量有益微生物，能调节生态环境。 6不含有毒有害物质。 | 1使用成本低，肥效长，肥效稳定释放。 2 营养全面，能促进植物生长、开花、结果。 3改良土壤结构，解决土壤板结问题，恢复土壤自我生产能力。 4肥料成熟度高，不会造成烧苗不含重金属、虫卵、病菌等有害物质 5 能预防病虫害发生，减少土壤残留的害虫卵和病原菌，减少连作障碍。 6减少农药的使用，降解植物和土壤中农药残留。 7 含有大量有益微生物，能够分泌生物活性物质，改善生态环境，防止河流、湖泊富营养化。 8提高农产品品质、口感、营养，能达到绿色、无公害种植标准。 |
缺点 | 1 成本高，有机质含量低，养分单一，养分不稳定，流失快。 2 易造成土壤板结，损害土壤微生物生长的环境，使用效果逐渐下降。 3 病虫害连年加重，易造成环境污染 4降低农作物的品质，口感和营养降低 5 市场竞争激烈。 | 1 养分含量相对较低，肥效慢，有时稳定性差。 2 发酵不彻底，肥料成熟度低，易造成烧苗。 3重金属等有毒有害物质含量高。 4易传播土传病虫害。 5肥料中臭味导致施用不方便 | 1 部分产品制作工艺简单，使用效果差。 2易传播土传病虫害，病虫害连年加重等情况。 3假冒伪劣产品多，农民不易辨别
| 1肥效较化肥稍慢，短期内还需施用一定化肥。 2 推广时，由于中国农产品认证法规执行不严，部分地区农产品还做不到高质高价等原因，影响农民的使用积极性。 |
肥料市场由以前的单一成分的肥料转变为现在的复合性肥料。目前市场的复合性肥料主要有有机-无机复合肥、生物有机复合肥。而我们的生物有机肥可以在原有机-无机复合肥基础上有针对性的加入微生物制剂而成。它是在弥补以前肥料的不足，更突出优质的新型复合肥料，并且符合有机、绿色农业生产需要。此项技术在国内外属于新技术，目前同类产品较少，优质产品更少；而我们的产品性价比高，竞争力强。在提倡食品营养、安全的大环境下，生物有机肥中国具有巨大的市场。同时国外市场由于原料供应不畅，无法满足市场需求，因此国际市场也存在着相当大的市场缺口。总之，生物有机肥其应用前景广泛，市场潜力巨大。
制造工艺的比较
化肥：目前大多数化肥厂的制作工艺相差不大，因此制造成本几乎相同。但是都存在先进设备昂贵，占地面积大，耗能大，污染严重。制造出的肥料臭味重。
有机肥：一般是用发酵法和高温消毒法来制作的。高温消毒法会破坏蛋白质和维生素等营养物质，其产品的营养较低。因此需要加入化学肥料来复合。这样达不到国家绿色肥料的标准，而且成本加大。发酵法主要是利用酵母菌在常温下，分解鸡粪和秸杆中纤维素，其发酵菌种单一。工艺低的肥料成熟度不高；有害物质如重金属、残留病源菌和害虫卵仍然存在。
生物有机肥；其主要工艺也是发酵法，区别是由于菌种的多样化、菌群的稳定存在，肥料可以解决成熟度问题、重金属和残留病源菌和害虫卵问题。另一方面，发酵是在常温下进行的，工厂车间污染极少，肥料只经过发酵手段即可达到国家绿色肥料的标准。厂区也可以作为绿色工厂的示范。
